オラン島エリア３の奥にある科学省とのネットワークを復旧しようとすると、
ネビュラの手下と戦闘になる。
内わけは左縦列の上のパネルにパルスバットEX、
真ん中縦列の真ん中のパネルにメットールEX、右縦列の下のパネルにパルスバットEXがいる。
初めにメットールを攻撃してくる前にしとめる。
その後はどちらからでもいいので順にパルスバットを倒していく。
倒し終わるとロックマンはネットワークの復旧作業に戻り、科学省エリアに入る。
〜科学省エリア１〜
最初に科学省エリア１に入ることになる。
まずそのまま直進し、左に曲がる。
そのまま直進し、道が入り組んでいる場所に出る。
そこを左に曲がり、つきあたりを右に曲がる。
そのまま直進すると入り組んだ場所は抜ける。
そのあと左に曲がり、一番奥まで行くと少し長めの直線が左側にあるのでその道を行く。
つきあたりを左に曲がり、次のつきあたりを右に曲がり少し大きめのスペースに出る。
あとはオレンジ色の道をたどるとエリア２にいける。
〜科学省エリア２〜
出てきた場所からそのまま直進し、つきあたりを右に曲がる。
少し直進してすぐに左に曲がり、つきあたりを左、少し直進して右に曲がる。
つきあたりを左に曲がり、オレンジ色の道が見えるのでそこを渡る。
つきあたりを右に行き、そのまま直進すると、
次のリベレートエリアに続く道が闇の雲でふさがれている。
そこで調査は終了となる。
ロックマンが強制的にプラグアウトされるので、そのまま家に帰って休む。